Pelajaran kimia merupakan pelajaran yang sarat akan eksperimen. Belajar kimia tanpa bereksperimen terasa kurang lengkap dan kurang maksimal.
SMA YPK merupakan sekolah yang serius dengan sarana dan prasarana yang lengkap dan memadai, maka setiap materi kimia dapat dipelajari dan dipraktikumkan di laboratorium kimia.
Para siswa kelas XII IPA terlihat sangat senang dan penuh antusias mengikuti ekperimen di laboratorium.
Sampai saat ini materi pelajaran kimia kelas XII sudah melalui dua pokok bahasan penting yaitu sifat koligatif larutan dan elektrokimia. Kedua materi yang sudah dilalui selalu disertai dengan praktikum dipekan terakhir. Harapannya para siswa selain paham juga memiliki pengalaman langsung dengan materi pelajaran yang sedang mereka hadapi.
Materi sifat koligatif dilakukan 2 praktikum yaitu tentang kenaikan titik didih dan penurunan titik beku. Titik didih air pada 1 Atm sebesar 100 derajat celsius, setelah ditambah zat terlarut titik didihnya akan berubah. Titik beku air pada 1 Atm sebesar o derajat celsium, setelah ditambah zat terlarut makan titik bekunya akan berubah.
Materi elektrokimia dilakukan 3 praktikum yaitu tentang sel elektrolisis, sel volta dan korosi. Pada praktikum sel elektrolisis siswa melakukan percobaan cara menghasilkan bahan kimia yang baru dari bahan yang ada. Misalnya menghasilkan gas oksigen dan gas hidrogen dari air, menghasilkan gas klorin dan logam perak dan lain sebagainya. Sel volta para siswa dipelajari cara membuat bateri dari bahan kimia yang ada. Korosi pengamatan langsung pada proses kerkaratan logam besi.
SMA Yayasan Pupuk Kaltim, sejak 1983 mengemban misi pendidikan bagi putra-putri karyawan PT. Pupuk Kaltim dan masyarakat Bontang dan sekitarnya, menerapkan sekolah serius untuk sebuah pembelajaran yang optimal, sehingga menjadikan sekolah ini Homebase-nya para juara dan menjadi The gateway to prominent universities dalam mengantar alumninya untuk studi lanjut. 
